just don't use references until you understand their implications and you are really sure you gain something - given the php engine has a copy-on-write paradigm there are very few cases

to make it clear: you miss a unset between both loops, $v of the second one still points to the last item of the previous loop

Я знаю что такое ссылки и использую их по назначению. Просто упростил пример.
В коде нет не единого присваивания, однако исходный массив изменяется.
Понятно что баг можно обойти, например если оба раза использовать ссылку(&$v)
пример:
$res=[1,2,3];
foreach($res as &$v){}
print_r($res);
foreach($res as &$v){}
print_r($res);
-------------------------------

Array
(
    [0] => 1
    [1] => 2
    [2] => 3
)
Array
(
    [0] => 1
    [1] => 2
    [2] => 3 //теперь все ожидаемо
)

Duplicate of https://bugs.php.net/bug.php?id=76336 and many others

this is NOT a bug - your code is buggy - it's that simple

<?php
 $array1 = [1, 2, 3];
 $array2 = [5, 6, 7];
 foreach($array1 as $key=>&$item)
 {
 }
 foreach($array2 as $key=>$item)
 {
  $item = "TEST $key";
 }
 print_r($array1);
 print_r($array2);
 $item = 'JESUS';
 print_r($array1);
?>
_______________________

<?php
 $array1 = [1, 2, 3];
 $array2 = [5, 6, 7];
 foreach($array1 as $key=>&$item)
 {
 }
 unset($item); /** THIS IS THE FIX */
 foreach($array2 as $key=>$item)
 {
  $item = "TEST $key";
 }
 print_r($array1);
 print_r($array2);
 $item = 'JESUS';
 print_r($array1);
?>